Die Graduiertenschule wird von einem regelmäßig tagenden Vorstand geleitet, in dem jede der sechs Abteilungen des John-F.-Kennedy-Instituts mit einer Professor/in vertreten ist. Die Direktorin und Vorsitzende ist Prof. Dr. Stefanie Müller (Abt. Literatur). Darüber hinaus gehören dem Vorstand je ein/e Vertrer/in der Doktoranden sowie der Postdoktorandengruppe an. Der Geschäftsführer und die Frauenbeauftragte sind ex officio im Vorstand vertreten.